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eXtensible Integrative Pipeline
XiP の開始はここから

目次

アプリケーションの起動

Version Release Date Release Notes Online Online(large) Offline
1.0 (stable) 20-04-2012 release notes launch launch download
2.0 (stable) 04-09-2012 release notes launch launch download
3.0 (stable) 18-04-2013 release notes launch launch download
latest 21-02-2017 release notes launch launch download

Manual     

Video (How to start)

Video (Quick Guide)



XiP アプリケーションは、時系列データから動的ネットワークを抽出してシステムとして解析するプロセスや、時系列データを動的モデルに同化させモデルを精緻化するなどのプロセスを、パイプラインとしてグラフィカルに作成し、データ解析・可視化・シミュレーション解析を統合的に行うツールです。

Cell Illustrator Online(CIO)で扱う CSML データや R データを使った処理が可能であり、パイプラインには、Galaxy ツールをコンポーネントとして組み込むことも可能です。また、最新の XiP 3.0 では、一部のコンポーネントを京上で実行する機能が実現されています。


Start ボタンで、最新の stable Online 版が起動します。Quick Guide ボタンでマニュアルを開き、それにそって操作してみてください。

XiP 起動時に署名関連のエラーが発生した場合は、下記の方法で Java キャッシュを削除した後、XiP を再起動してください。


よりアドバンスな使い方は、Advanced Usage に書かれています。

Online 版、Offline 版、及び Launcher の違いについては、以下で説明しています。


なお、XiP Online や Launcher を使用するには、Java Web Start が必要になります。Java Web Start を含む最新の Java Runtime Environment (JRE) を PC にダウンロードしインストールしてください。


Online 版

Java Web Start 機能を使って起動します。
Java Virtual Machine のメモリ設定である max-heap-size プロパティが異なる 2 種類があります。

  • Online1200MB
  • Online(large)4096MB


Offline 版

Offline 版は zip ファイルとして提供されます。ダウンロード後に解凍し、bat ファイルあるいは sh ファイル(OS に依存)を実行してください。


Launcher

上記の Online 版は、メモリサイズ 1200MB で起動しますが、大規模なデータを処理する場合にはより大きなメモリサイズが必要となります。

XiP Launcherを使うことで、利用するメモリサイズを自由に指定できます。

アプリケーションサイト

XiP https://xip.csml.org/
CIO 5.0 https://cionline.hgc.jp/cionlineserver/apps/usersman/main


基本的なアプリケーションの使い方

フローの作成

フローの実行

その他のアプリケーションの使い方


パイプラインのサンプル


講習会


メニューバーについて

メニューバー


ウインドウについて


ルートコンポーネントカテゴリー一覧


その他の有用な情報について



プラグインの利用


コンポーネントの開発について


HGC環境での利用について


開発 Note


文献

  • Nagasaki M, Fujita A, Sekiya Y, Saito A, Ikeda E, Li C, Miyano S. XiP: a computational environment to create, extend and share workflows. Bioinformatics. 2013 Jan 1;29(1):137-9


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